Da häufig nicht alle Details einer Rechnung als strukturierter Datensatz vorliegen, sind auch sogenannte Hybridformate zugelassen, wie z.B. das ZUGFeRD-Format. Diese Formate bestehen aus einer E-Rechnung plus Bilddatei. Reine, strukturierte Formate sind die bekannten Standards XML und EDI. Im Falle der öffentlichen Verwaltung kommt nun die sogenannte XRechnung hinzu. Um diese Formate lesen zu können, ist ein spezieller Viewer erforderlich.
Was viele beim Thema E-Rechnung missverstehen: Eine reine Bilddatei ohne strukturierte Daten – zum Beispiel ein PDF oder eine eingescannte Papierrechnung, die dann per E-Mail verschickt wird, ist keine elektronische Rechnung.